Bởi vì
- Đột biến mất đoạn, lặp đoạn: làm mất cân bằng hệ gen của thể đột biến → gây hậu quả nghiêm trọng hoặc chết.
- Chuyển đoạn, đảo đoạn làm ảnh hưởng tới sự kết cặp và phân ly của các NST trong phân bào, có thể làm thay đổi nhóm gen liên kết → gây hậu quả nghiêm trọng hoặc chết.
Nhìn chung các đột biến cấu trúc NST thường gây hại cho thể đột biến.