Căn cứ vào nguồn năng lượng, nguồn cacbon vi sinh vật quang tự dưỡng khác vi sinh vật hóa dị dưỡng:
- Nguồn năng lượng
+ Quang tự dưỡng là ánh sáng
+ Hóa dị dưỡng là chất hữu cơ
- Nguồn carbon chủ yếu
+ Quang tự dưỡng là CO2
+ Hóa dị dưỡng là chất hữu cơ.