Hai alen của cùng 1 gen tương tác với nhau theo 2 cách:
- Trội hoàn toàn: A trội hoàn toàn so với a, AA,Aa: mang kiểu hình trội; aa mang kiểu hình lặn.
- Trội không hoàn toàn: A trội không hoàn toàn so với a; AA: kiểu hính trội; Aa: kiểu hình trung gian; aa: kiểu hình lặn.
- Đồng trội: 2 alen có vai trò ngang nhau, ví dụ nhóm máu AB là do alen A và B đồng trội.