Cấu tạo xinap hóa học gồm 3 bộ phận:
Chùy xinap: Ngoài có màng bao bọc gọi là màng trước xinap. Trong chùy xinap có chứa ty thể và các bóng chứa chất trung gian hóa học (axêtincôlin, norađrênalin, đôpamin, serôtônin,.....)
Khe xinap: Là 1 khe nhỏ nằm giữa màng trước và màng sau xinap.
Màng sau xinap: Trên màng có các thụ thể tiếp nhận chất trung gian hóa học. Có các enzim đặc hiệu có tác dụng phân giải chất trung gian hóa học. Chất trung gian hóa học phổ biến nhất ở thú là axêtincôlin và norađrênalin.
