+ Về hình dạng:
- Cơ thể trùng giày đã có hình dạng xác định (như một chiếc đế giày)
- Cơ thể trùng biến hình có hình dạng không ổn định, thường xuyên biến đổi.
+ Cấu tạo:
- Tế bào trùng giày đã phân hóa thành nhiều bộ phận, mỗi bộ phận đảm bảo một chức năng riêng (nhân lớn, nhân nhỏ, rãnh miệng chia thành lỗ miệng và hầu, có không bào co bóp ở vị trí cố định, có lỗ thoát để thải bã).
- Tế bào trùng biến hình chỉ có 1 nhân, 1 không bào co bóp và 1 không bào tiêu hóa.
Dựa vào các đặc điểm so sánh giữa trùng giày và trùng biến hình → Trùng giày có cấu tạo phức tạp hơn trùng biến hình.