Các hạn chế về tự nhiên đã ảnh hưởng đến việc phát triển kinh tế xã hội ở Đồng bằng sông Hồng như sau:
- Các thiên tai (bão, lũ lụt, bạn hán...) đã ảnh hưởng lớn sản xuất và đời sống, đặc biệt là sản xuất nông nghiệp.
- Nằm trong vùng khí hậu nhiệt đới ẩm gió mùa, độ ẩm lớn (nhất là cuối mùa đông) nên máy móc sản xuất dễ bị han rỉ, hư hỏng, khó khăn trong bảo dưỡng.
- Vùng hạn chế về tài nguyên thiên nhiên, thiếu nguyên liệu cho việc phát triển công nghiệp, phải nhập nguyên liệu từ vùng khác đến.
- Một số tài nguyên (đất, nước trên mặt...) bị ô nhiễm, suy thoái do khai thác quá mức đã ảnh hưởng đến khả năng phát triển cũng như việc nâng cao năng suất cây trồng, vật nuôi.