Trong tự nhiên có 3 nhóm hệ sinh thái chính sau đây :
- Nhóm hệ sinh thái trên cạn (hệ sinh thái rừng nhiệt đới, sa mạc, thảo nguyên...).
- Nhóm hệ sinh thái nước mặn (hệ sinh thái ven biển, rừng ngập mặn...).
- Nhóm hệ sinh thái nước ngọt (hệ sinh thái nước đứng, nước chảy...).
