- Năm 1545, Nguyễn Kim chết, con rể là Trịnh Kiểm lên thay, nắm toàn bộ binh quyền.
- Người con thứ của Nguyễn Kim là Nguyễn Hoàng đã xin vào trấn thủ Thuận Hóa, Quảng Nam. Mục đích ra đi của Nguyễn Hoàng là bảo vệ bản thân cùng dòng họ tránh bị Nguyễn Kim tiêu diệt. Cũng từ đây, Nguyễn Hoàng bắt đầu xây dựng một thế lực riêng ở vùng đất Thuận Hóa, Quảng Nam.
- Sau khi ông mất, con cháu đời sau nối nhau cầm quyền, nhân dân gọi là "chúa Nguyễn" ở Đàng Trong để phân biệt với “chúa Trịnh” ở Đàng Ngoài.
