Do có tốc độ sinh sản và tổng hợp vật chất cao, sự trao đối chất có tính đa dạng, vi sinh vật đã được con người quan tâm khai thác như sau:
- Bào tử nấm dùng làm nguồn nguyên liệu đế thu nhận các chế phẩm như thực phẩm (tương), thức ăn bổ sung cho chăn nuôi, thuốc trừ sâu sinh học,...
- Do tốc độ sinh sản nhanh, vi khuẩn được dừng (E. coli được dùng phổ biến) trong kĩ thuật cây gen sản xuất trên quy mô công nghiệp nhiều loại sản phẩm sinh học như axit amin, prôtêin, enzim, hoocmôn (insulin), kháng thể,...
- Chế biến và bảo quản 1 số thực phẩm cho người và gia súc: dưa chua, nem chua, sữa chua, rau cỏ ú chua (cho gia súc).
- Sản xuất prôtêin đơn bào dùng làm thức ăn bố sung cho người và gia súc.
