Kimura đề ra thuyết tiến hoá bằng các đột biến trung tính (đại đa số các đột biến ở cấp phân tử là trung tính, nghĩa là không có lợi cũng không có hại), nghĩa là sự tiến hoá diễn ra bằng sự củng cố ngẫu nhiên những đột biến trung tính, không liên quan với tác dụng của chọn lọc tự nhiên. Tác giả cho rằng, đó là một nguyên lí cơ bản của sự tiến hoá ở cấp phân tử.
M. Kimura, đặc biệt nhấn mạnh thuyết này đề cập tới sự tiến hoá ở cấp phân tử và chỉ bổ sung cho thuyết tiến hoá bằng con đường chọn lọc tự nhiên.
