Những nguyên nhân chính gây thất thoát năng lượng trong hệ sinh thái:
- Do một phần năng lượng của sinh vật làm thức ăn không sử dụng được, ví dụ như gỗ cứng, rễ cây, xương da, lông...
- Do một phần được động vật sử dụng nhưng không được đồng hoá mà thải ra môi trường bên ngoài dưới dạng chất bài tiết.
- Một phần mất đi do hô hấp của động vật.
