Cấu trúc bậc 1: là trình tự sắp xếp các axit amin trong chuỗi pôlipeptit, có dạng mạch thẳng.
Cấu trúc bậc 2: là chuỗi pôlipeptit bậc 1 có câu trúc xoắn hình lò xo alpha hoặc gấp nếp beta, các nếp gấp và vòng xoắn được cố định bởi các liên kết hidro giữa các axit amin gần nhau.
Cấu trúc bậc 3: do cấu trúc bậc 2 uốn khúc tạo thành cấu trúc không gian đặc trưng cho mỗi loại prôtêin bằng các liên kết đisunfua, liên kết ion, vander van… giúp tăng tính bền vững của phân tử protein.
Cấu trúc bậc 4: do nhiều cấu trúc bậc 3 kết hợp thành phân tử prôtêin hoàn chỉnh, có cấu trúc không gian đặc trưng.