Phương pháp chọn lọc cá thể được tiến hành như sau:
+ Ở năm I, trên ruộng chọn giống khởi đầu, người ta chọn ra những cá thể tốt nhất. Hạt của mỗi cây được gieo riêng thành từng dòng để so sánh (năm II)
+ Ở năm II, người ta so sánh các dòng với nhau, so với giống gốc và giống đối chứng để chọn dòng tốt nhất, đáp ứng mục tiêu đạt ra.
Ưu điểm: Chọn lọc cá thể phối hợp được chọn lọc dựa trên kiểu hình với kiểm tra kiểu gen đạt kết quả nhanh và cho chất lượng giống tốt .
Nhược điểm: Đỏi hỏi theo dõi công phu và chặt chẽ
Chọn lọc cá thể thích hợp với cây tự thụ phấn, cây nhân bản vô tính bằng cành củ, mắt ghép, động vật giao phối gần và giao phối cận huyết.