Tự thụ phấn và giao phối gần đưa đến thoái hóa giống nhưng chúng vẫn được dùng trong chọn giống vì người ta dùng các phương pháp này để củng cố và duy trì một số tính trạng mong muốn, tạo dòng thuần (có các cặp gen đồng hợp), thuận lợi cho sự đánh giá kiểu gen từng dòng, phát hiện các gen xấu để loại bỏ ra khỏi quần thể.
